Yrityskauppa voidaan toteuttaa joko osakekauppana tai liiketoimintakauppana. Monesti yrityskaupan alkumetreillä voidaan olla tilanteessa, jossa yrityksen omistajat ovat myymässä omistamiaan osakkeita, kun taas ostaja onkin ostamassa pelkkää liiketoimintaa. Osakekaupassa ostaja haluaa lähtökohtaisesti mahdollisimman valmiin, tulosta tekevän yhtiön, jonka avulla saadaan tuotettua enemmän lisäarvoa nopeammin kuin perustamalla vastaava yhtiö alusta asti itse. Liiketoimintakauppa puolestaan sopii paremmin tilanteisiin, joissa halutaan hankkia vain tietty operatiivinen liiketoimintakokonaisuus, mutta ei muuta kaupan kohteena olevaan liiketoimintaan liittymätöntä, kuten esimerkiksi kaupan ulkopuolelle jäävää liiketoimintaa tai omaisuutta. Yrityskaupan oikean toteuttamistavan valinta on tärkeää, koska sillä on vaikutusta muun muassa kaupassa siirtyvien vastuiden, sopimusten ja verotuksen kannalta.
Osakekaupassa yhtiön osakkaat myyvät omistamansa yhtiön osakkeet (kokonaan tai osittain) ostajalle ja osakkaat saavat myyntihinnan itselleen. Ostaja saa kaupassa kaikki osakkeiden omistamisen mukana tulevat oikeudet ja velvollisuudet. Osakkeiden myynti ei siis vaikuta yrityksen päivittäiseen liiketoimintaan välittömästi mitenkään mutta todennäköisesti uudet omistajat haluavat jatkossa kehittää liiketoimintaa ja tehdä muutoksia esimerkiksi yhtiön hallintoon, toimintatapaan ja itse liiketoimintaankin. Osakekaupalla ei lähtökohtaisesti ole vaikutusta myöskään kaupan kohteena olevan yhtiön sopimuksiin tai toimintaan muutoinkaan.
Liiketoimintakaupassa myydään joko yhtiön koko liiketoiminta tai tietty osa siitä. Liiketoimintakaupassa myyjänä on kaupan kohteena olevan liiketoiminnan omistava yhtiö ja siten kauppahinta päätyy yhtiölle, ei sen osakkeenomistajille. Liiketoimintakaupassa myydään yleensä liiketoimintaan kuuluva käyttö- ja vaihto-omaisuus tai osa siitä eli kaikki ne ydinosat, joita tarvitaan liiketoiminnan jatkamiseen. Mikäli yrityskaupan kohteena on ollut vain osa myyjäyhtiön liiketoiminnasta, jatkuu myyjäyhtiön toiminta normaalisti jäljelle jäävien liiketoiminta-alueiden osalta. Yrityskaupassa myydyn liiketoiminnan osalta toiminta jatkuu puolestaan osana ostajayhtiön liiketoimintaa.
Osakekauppa ja liiketoimintakauppa eroavat olennaisilta osiltaan muun muassa siinä, että niissä on eri myyjäosapuolet. Osakekaupassa kaupan kohteena olevan yhtiön osakkeenomistajat myyvät yhtiön osakkeet ostajalle ja vastineeksi osakkeenomistajat saavat myyntihinnan itselleen henkilökohtaisesti.
Liiketoimintakaupassa kaupan kohteena oleva yhtiö puolestaan myy osan tai koko liiketoimintansa ostajalle, jolloin kauppahinta maksetaan kokonaisuudessaan myyjäyritykselle. Liiketoimintakauppa ei siten vaikuta myyjäyrityksen osakkeiden omistukseen kuten osakekauppa.
Osakekaupassa ostajalle siirtyvät kaikki yhtiön varat, velat ja velvollisuudet kokonaisuudessaan koko yhtiön elinkaaren ajalta. Siirtyviin velvoitteisiin lukeutuvat esimerkiksi ennen kauppaa tehdyt sopimukset, keskeneräiset työt sekä kaikki vastuut aiemmin valmistuneista töistä tai urakoista. Osakekaupan yhteydessä on hyvä huomata, että kaikki vastuut eivät välttämättä ole selvillä kaupantekohetkellä. Uusi omistaja voikin joutua maksamaan myöhemmin esimerkiksi veroja tai muita yllättäviä, tiedostamattomia kuluja. Käytännössä osakekauppakirjassa sovitaan vastuunjaosta kaupan toteuttamista edeltävään aikaan perustuvista vastuista.
Koska liiketoimintakaupassa ei myydä koko yhtiötä vaan vain tietty liiketoimintaa harjoittava osa, on siirtyvän liiketoiminnan ja sen mukana siirtyvien oikeuksien ja velvollisuuksien ja mahdollisten vastuiden määritteleminen tärkeää, jotta tiedetään, mikä on kaupan kohteena ja mikä ei. Lähtökohtaisesti yhtiön velat ja vastuut eivät siirry ostajalle, vaan jäävät myyjälle, sillä kaupassa siirtyvät yhtiön asiakkuudet ja sopimukset sekä muut liiketoimintaa palvelevat omaisuuserät sekä työntekijät.
Normaalitilanteessa yhtiön lukuun solmitut sopimukset säilyvät osakekaupan yhteydessä normaalisti voimassa ja kaikki sopimusperusteiset vastuut ja velvoitteet jäävät yhtiölle ja siirtyvät näin ollen kaupassa yhtiön mukana ostajalle. Yhtiöllä voi kuitenkin olla sopimuksia, joissa on erikseen mainittu omistuspohjan muutoksen oikeuttavan sopimuksen irtisanomiseen. Usein tällaiset sopimusehdot ovat kuitenkin neuvoteltavissa ennen kaupan toteutusta.
Liiketoimintakauppaan kuuluu useimmiten erityyppisiä sopimuksia, kuten esimerkiksi jälleenmyynti-, vuokra- ja hankintasopimukset, lisenssit ja ohjelmistot. Liiketoimintakaupassa sopimusosapuoli muuttuu kaupan myötä siirtyvissä sopimuksissa, joten sopimukset pitää uusia. Mikäli sopimuksissa ei ole sovittu mahdollisuudesta siirtää niitä, ei liiketoimintaansa myyvällä yhtiöllä ole yksipuolista oikeutta siirtää myytävään liiketoimintaan liittyviä sopimuksia. Tämä seikka kannattaa huomioida jo liiketoimintakauppaa valmisteltaessa.
Osakekaupassa myynnin kohteena oleva yhtiö ei maksa veroja, vaan veron maksaa myyjänä oleva osakkeenomistaja. Osakkeenomistajat ovat tällöin verovelvollisia kauppahintana saadusta tulosta. Mikäli myyjänä on Suomessa verovelvollinen luonnollinen henkilö, luovutusvoitto verotetaan pääomatulona. Jos myyjänä on puolestaan osakeyhtiö, verotuksellinen kohtelu riippuu siitä, onko kyseessä elinkeinoverolain vai tuloverolain mukaan verotettava osakekauppa. Osakekaupassa ostaja joutuu maksamaan varainsiirtoveron.
Koska liiketoimintakaupassa myyjänä on yhtiö, kauppahinta katsotaan yhtiölle tuloksi. Näin ollen myyjäyritys joutuu maksamaan yhteisöverokannan mukaisen 20 prosentin veron. Myyjäyritys voi kuitenkin vähentää kauppahinnasta tuloverotuksessa poistamattoman hankintamenon, jolloin tulo syntyy tuosta erotuksesta. Myyjän saama kauppahinta tulee siis kokonaisuudessaan yritykseen, ja mikäli rahoja halutaan siirtää yksityiseen käyttöön, se tulee suunnitella erikseen omana prosessinaan. Yleisimpiä tapoja tyhjentää yhtiön omaisuutta on jakaa osinkoa tai purkaa yhtiö kokonaan. Osakkeenomistajille aiheutuu veroseuraamuksia liiketoimintakaupasta siis vain siinä tapauksessa, että kauppahintaa jaetaan osakkeenomistajille yhtiöstä, jonka liiketoiminta on myyty. Jos liiketoimintakaupassa siirtyy liiketoiminnallinen kokonaisuus, voi siirto olla arvonlisäveroton, vaikka kaupan mukana siirtyisikin esimerkiksi varasto tai käyttöomaisuutta.
Yrityksen myynti ja siihen liittyvät valinnat kannattaa kartoittaa hyvissä ajoin ennen suunniteltua yrityskauppaa yhdessä asiantuntijan kanssa. Jokainen yrityskauppa on erilainen ja se, kannattaako kauppa toteuttaa osakekauppana vai liiketoimintakauppana riippuu muun muassa myyjän intresseistä yrityskaupalle sekä ostajan asettamista tavoitteista yhtiön liiketoiminnan kehittämiselle. Yrityskaupan toteuttamistapaan vaikuttavat myös esimerkiksi kauppahinta, kaupan ehdot, verotus, pääomantarve ja yrityksen myyjän tulevaisuuden suunnitelmat.